Համալսարանը ավարտելուց հետո ընդունվել է ասպիրանտուրա՝ միութենական ակադեմիայի Նովոսիբիրսկի բաժանմունք: 1972թ. վերադարձել է Եր—ան — սկսել է դասավանդել համալսարանում: Պաշտպանել է դիսերտացիա — ստացել է ֆիզիկա-մաթեմատիկական գիտությունների թեկնածուի աստիճան: Մինչ— 1988թ. եղել է տարբեր քաղաքական կազմակերպությունների անդամ — կազմակերպիչ: 

1988 թ. փետրվարից «Ղարաբաղ» կոմիտեի անդամ էր, 1988թ. հունիսից «Ղարաբաղ» կոմիտեի կոորդինատորը: 1988 թ. դեկտեմբերի 10-ին «Ղարաբաղ» կոմիտեի մյուս անդամների հետ ձերբակալվել է — 6 ամիս  անցկացրել Մոսկվայի «Մատրոսկայա Տիշինա» բանտում: ՀՀՇ վարչության առաջին նախագահն էր: 1990թ. մայիսին ընտրվել է Հայաստանի Գերագույն Խորհրդի պատգամավոր: 1990թ. մայիսին ընտրվել է Հայաստանի Գերագույն Խորհրդի պատգամավոր: 1990թ. օգոստոսի 13-ին ԳԽ-ի կողմից նշանակվել է Հայաստանի Հանրապետության Վարչապետ, 1991 թ. սեպտեմբերի 26-ին՝ հրաժարական տվել: 

1992թ. սեպտեմբերին նշանակվել է ՀՀ պետնախարարի, այնուհետ— պաշտպանության նախարարի պաշտոնակատար՝ միաժամանակ ղեկավարելով ՀՀ ռազմաարդյունաբերական համալիրը:  
1993թ. օգոստոսին ազատվել է նախարարի պաշտոնից: 
1996 թ. ՀՀ նախագահական ընտրություններում հանդիսանալով ազգային համաձայնության միասնական թեկնածու՝ Վազգեն Մանուկյանը ստացավ ձայների 41.29 %-ը: 

Այսօր նա ԱԺՄ նախագահն է, ՀՀ ԱԺ պատգամավոր, ղեկավարում է Ռազմավարական հետազոտությունների կենտրոնը: 

Ամուսնացած է, ունի երեք դուստր: